馮教授及其合作者在風暴潮動力學研究中創(chuàng)建了超淺海風暴潮模型，并將風暴潮動力學和預報模型及方法系統(tǒng)化，相關成果“淺海風暴潮動力機制和預報方法的研究”獲國家自然科學獎三等獎(1982)。其專著《風暴潮導論》(1982)是世界上第一部系統(tǒng)論述風暴潮機制和預報的專著，獲全國優(yōu)秀科技圖書一等獎。他主持的國家“七五”、“八五”重點科技攻關專題獲得了高度評價，部分工作已達到國際領先水平。其中主持的“七五”攻關專題作為一部分，獲得“國家七五科技攻關重大成果獎”(1991)，他的工作促進了風暴潮學科的發(fā)展和預報的進步。

　　馮教授在淺海環(huán)流和長期物質輸運方面的研究成果尤為突出。在這一當前近海環(huán)境海洋學研究焦點中，他及其合作者給出的拉格朗日余環(huán)流和長期輸運方程獨具特色，物理意義異常明確，且對長期物質輸運的計算提供了非常節(jié)省的計算模型，受到國內外同行的重視。如已被應用于美國Chesapeake灣的時均鹽度場以及富營養(yǎng)化問題和渤海營養(yǎng)鹽、初級生產問題等的模擬和預測；建立的斜壓淺海環(huán)流方程組應用于渤海、黃海、東海環(huán)流和泥沙輸運的數(shù)值模擬和機制研究。相關成果“拉格朗日余流和長期輸運過程的研究——一種三維空間弱非線性理論”獲國家自然科學獎三等獎（1989)。他的工作促進了淺海動力學、環(huán)境海洋學和海洋生態(tài)動力學的進步。

      馮教授及其合作者主編的面向21世紀課程國家級重點教材《海洋科學導論》（1999），獲全國普通高等學校優(yōu)秀教材一等獎（2002）；教學成果“面向二十一世紀海洋科學專業(yè)的教學改革與實踐”及“海洋科學類專業(yè)人才培養(yǎng)模式的改革與實踐”，分別于2000年和2005年獲《全國教學優(yōu)秀成果》二等獎。

馮教授現(xiàn)任全國政協(xié)委員，民主建國會中央常委。國務院學位委員會海洋科學評議組組長；全國博士后管委會學科專家組成員；中國博士后科學基金會學科專家組成員；教育部高等學校海洋科學與工程類專業(yè)教學指導委員會主任等。