環(huán)境學院已有40多年的辦學歷史，前身可追溯到1978年經(jīng)水利部批準設立的環(huán)境水利科學研究所。1986年在農(nóng)田水利系招收環(huán)境工程專業(yè)本科生，1988年成立環(huán)境工程系，1994年成立環(huán)境科學及工程學院，1995年與水資源水文系合并成立水文水資源及環(huán)境學院，2002年獨立設置環(huán)境科學與工程學院，2009年更名為環(huán)境學院。學院設有環(huán)境工程系、環(huán)境科學系、環(huán)境生態(tài)工程系、市政工程系、化學中心、實驗中心、水資源保護與生態(tài)修復研究所、現(xiàn)代水處理技術研究所、水環(huán)境模擬與生態(tài)水力學研究所、環(huán)境規(guī)劃與評價研究所、固體廢棄物處理及資源化循環(huán)利用研究所、環(huán)境化學研究所、水污染控制研究所、污水資源化與低碳發(fā)展技術研究所、環(huán)境微生物研究所、環(huán)境水利科學研究所等機構(gòu)。淺水湖泊綜合治理與資源開發(fā)教育部重點實驗室和教育部“流域水環(huán)境綜合治理與生態(tài)修復”學科創(chuàng)新引智基地掛靠我院建設與管理。2018年，河海大學環(huán)境新材料研究中心、河海大學農(nóng)田污染防控研究中心成立并掛靠學院建設管理。2019年，江蘇省城鄉(xiāng)飲用水安全保障工程研究中心成立并掛靠學院建設管理；2020年，江蘇省農(nóng)業(yè)農(nóng)村污染防控與治理工程技術研究中心成立并掛靠學院建設管理。

學院環(huán)境科學與工程學科是首批國家“雙一流”建設學科，在第四輪學科評估中評估為A類，全國排名第8，并入選江蘇高校優(yōu)勢學科建設項目。 環(huán)境工程為國家重點（培育）學科和江蘇省重點學科。2019年，學院環(huán)境工程和給排水科學與工程兩個本科專業(yè)入選首批“雙一流專業(yè)”計劃國家級一流本科專業(yè)點。2020年，環(huán)境科學專業(yè)入選國家一流本科專業(yè)建設點。2022年，環(huán)境科學與工程學科再次入選國家“雙一流”建設學科。學院現(xiàn)有5個本科專業(yè)、4個碩士學位授予權、1個一級學科博士學位授予權、4個二級學科博士學位授予權，設有環(huán)境科學與工程一級學科博士后流動站。目前，在校本科生1100余名，博士、碩士研究生700余名，外國留學生100余名。

學院現(xiàn)有教職工112名，其中：中國工程院院士1名。學院現(xiàn)有教授（含研究員）44名，副教授（含副研究員）27名。學院擁有博士生導師39名、碩士生導師36名，專任教師中具有博士學位比例100%，形成了良好的可持續(xù)發(fā)展學術研究團隊。

近五年來，學院深入開展學科建設、教育教學改革和科學研究，形成以流域環(huán)境演變與生態(tài)安全、河湖綜合治理與修復、農(nóng)業(yè)農(nóng)村污染防控與治理、環(huán)境新材料、環(huán)境微生物、土壤污染治理為特色的科學研究、人才培養(yǎng)和觀測實驗基地。學院先后承擔了國家973、863、國家自然科學基金重點項目、國家重大水專項和省部級直接服務于國家經(jīng)濟建設的重大科研任務等200余項。部分研究成果處于國際先進和國內(nèi)領先水平，獲得包括國家科技進步一等獎、國家自然科學二等獎、國家技術發(fā)明二等獎、國家科技進步二等獎、大禹水利科學技術發(fā)明特等獎等國家級、省部級以上科技獎勵40余項，出版專著與教材30余部。學院年均科研經(jīng)費4000余萬元，發(fā)表高水平科研論文100余篇，授權國家發(fā)明專利80余項。目前，環(huán)境學院正以良好的態(tài)勢迅猛發(fā)展，在國內(nèi)外具有鮮明的學科優(yōu)勢和廣泛影響力。